Việc lồng ghép nguồn vốn giữa các Chương trình mục tiêu quốc gia khó thực hiện vì Chương trình giảm nghèo bền vững, Chương trình phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi có nguồn ngân sách trung ương được giao chi tiết theo từng dự án.